[조심2025서2843] 어린이집으로 사용된 부동산, 1세대 1주택 비과세 인정! 청구인 전면 승소 사례 완전 분석

📌 핵심 요약

• 사건번호: 조심2025서2843 (조세심판원 2025.10.15. 결정)
• 쟁점: 공부상 "교육연구 및 복지시설"이지만 실제로는 주거용 구조를 갖춘 어린이집 건물의 1세대 1주택 비과세 적용 여부
• 결과: ✅ 청구인 전면 승소 - 경정청구 거부처분 취소
• 핵심 판단: 본래 단독주택으로 건축 → 구조 변경 없이 어린이집 운영 → 사실상 주거용 건물로 인정

1️⃣ 사건 개요

📋 기본 정보

항목	내용
결정번호	조심2025서2843
의결일자	2025년 10월 15일
재결청	조세심판원
세목	양도소득세
처분청	중랑세무서장
쟁점부동산	서울특별시 중랑구 소재 토지 215.9㎡, 건물 216.68㎡
양도일	2022년 8월 5일

📌 사건 경과

1. 2022.8.5. 청구인, 쟁점부동산을 "기타건물"로 보아 양도소득세 신고·납부
2. 2024.10.7. 청구인, "주택"으로 보아 1세대 1주택 비과세 적용 요청하는 경정청구 제기
3. 2024.11.25. 처분청, 경정청구 거부
4. 2025.2.14. 청구인, 이의신청
5. 2025.6.24. 심판청구 제기
6. 2025.10.15. 조세심판원, 청구인 승소 결정 - 경정청구 거부처분 취소

✅ 주문(결론)

중랑세무서장이 2024.11.25. 청구인에게 한 2022년 귀속 양도소득세에 대한 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

2️⃣ 핵심 쟁점

🔍 쟁점

공부상 "교육연구 및 복지시설"로 등재된 건물이지만, 본래 주택으로 건축되어 구조 변경 없이 어린이집으로 운영된 경우, 1세대 1주택 비과세를 적용받을 수 있는가?

💡 법적 쟁점

구분	내용
청구인 주장	• 본래 단독주택으로 신축 (1974년) • 구조 변경 없이 공부상 용도만 변경 (2002년) • 냉난방, 주방, 화장실 등 주택 구조 유지 • 청구인과 세입자가 실제 거주 • → 사실상 주거용 건물로 판단해야 함
처분청 주장	• 공부상 "교육연구 및 복지시설" • 어린이집으로 인가·운영 (2004~2022년) • 영유아보육법 상 어린이집 내 주거시설 설치 불가 • 멸실 목적으로 양도 (2022년) • → 주택으로 볼 수 없음

3️⃣ 조세심판원 판단 (승소 이유)

✅ 심판원의 핵심 판단

쟁점부동산은 어린이집으로 운영된 것은 사실이나, 본래 주거용으로 지어진 단독주택으로, 청구인이 양도할 때까지 시설 및 구조 등의 개조 없이 민간어린이집으로 운영되면서 냉·난방시설, 보육실(침실), 화장실, 조리실 등을 갖춘 주택의 구조였던 점을 종합하여, 쟁점부동산을 사실상 용도가 주거에 공하는 건물로 보는 것이 타당하다고 판단하였습니다.

📊 승소 근거 5가지

번호	승소 근거	세부 내용
1	본래 주택으로 건축	• 1974년 단독주택으로 신축 • 2002년 증축 후 용도만 변경 • 구조 변경·개조 사실 없음
2	주택 구조 유지	• 지층: 거실, 침실, 화장실 • 1층: 거실, 주방, 화장실 • 2층: 거실, 방, 주방, 화장실 • 냉난방시설 완비
3	실제 거주 사실	• 청구인 가족: 지층 및 2층 거주 • 매매계약서 특약: "세입자 있음" • 국세청 전산망: 세입자 전입 기록
4	주택 용도 계약서	• 임대차계약서: "주택 월세 계약서" • 매매계약서: "주택매매계약서" • 전기·가스: "주택용" 요금
5	1세대 1주택 요건 충족	• 양도 당시 다른 주택 미보유 • 보유기간 2년 이상 • 실제 거주 입증 (신용카드, 택배 등)

4️⃣ 관련 법령 핵심 정리

📜 소득세법 제88조 (주택의 정의)

소득세법 §88 ⑦

"주택"이란 허가 여부나 공부(公簿)상의 용도 구분과 관계없이 세대의 구성원이 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로서 대통령령으로 정하는 구조를 갖추어 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말한다. 이 경우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다.

📜 소득세법 제89조 (1세대 1주택 비과세)

소득세법 §89 ① 3호 가목

1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외)의 양도로 발생하는 소득은 양도소득세를 과세하지 아니한다.

📜 소득세법 시행령 제154조 (1세대 1주택의 범위)

요건	내용
보유기간	• 일반 지역: 2년 이상 • 조정대상지역: 2년 보유 + 2년 거주
주택 수	양도일 현재 국내에 1주택만 보유
가액 제한	실지거래가액 12억원 초과 시 고가주택 (초과분 과세)

5️⃣ 유사 판례 3건 분석

⚖️ 판례 1: 대법원 2004두14960 (2005.4.28. 선고)

항목	내용
사건번호	대법원 2004두14960
선고일	2005년 4월 28일
쟁점	일시적으로 비주거용으로 사용된 건물의 주택 여부
판결 요지	소득세법상 '주택' 여부는 건물 공부상의 용도구분에 관계없이 실제 용도가 사실상 주거에 공하는 건물인가에 의하여 판단하여야 하고, 일시적으로 주거가 아닌 다른 용도로 사용되고 있다고 하더라도 그 구조·기능·시설 등이 본래 주거용으로서 주거용에 적합한 상태에 있고 주거 기능이 그대로 유지·관리되고 있어 언제든지 본인이나 제3자가 주택으로 사용할 수 있는 건물의 경우에는 이를 주택으로 보아야 한다.

⚖️ 판례 2: 대법원 92누7023 (1993.4.13. 선고)

항목	내용
사건번호	대법원 92누7023
선고일	1993년 4월 13일
쟁점	공부상 용도와 실제 용도가 다른 경우 주택 판정 기준
판결 요지	소득세법상 주택에 해당하는지 여부는 실질과세의 원칙상 건물공부상의 용도구분에 관계없이 실제 용도가 사실상 주거에 공하는 건물인가에 의하여 판단하여야 한다.

⚖️ 판례 3: 서울고등법원 2020누30711

항목	내용
사건번호	서울고등법원 2020누30711
선고일	2020년 7월 17일
쟁점	공부상 주택으로 용도변경되었으나 실제 음식점으로 사용된 경우
판결 요지	건물 지상 1층이 10년 이상 음식점으로 사용되었고, 양도 당시 공부상 주택으로 용도변경 되었으나 실제 용도변경 없이 계속 음식점으로 사용된 경우, 해당 건물은 주택으로 볼 수 없다. (역 적용 사례)
시사점	주택 판정은 공부상 용도가 아닌 실제 사용 목적이 중요함을 재확인

6️⃣ 유사 조세심판원 결정례 3건

⚖️ 심판례 1: 조심2023서7327

항목	내용
결정번호	조심2023서7327
결정일	2023년 11월 20일
쟁점	어린이집 양도와 1세대 1주택 비과세
결정 요지	어린이집으로 사용된 부동산이라도 주택으로서의 구조와 기능을 갖추고 실제 거주 사실이 있는 경우 1세대 1주택 비과세 인정

⚖️ 심판례 2: 조심2021인3116

항목	내용
결정번호	조심2021인3116
결정일	2021년 9월 9일
쟁점	공부상 용도변경 없이 주택으로 사용된 건물의 주택 여부
결정 요지	처분청이 제출한 자료만으로는 쟁점건물이 주택으로 사용되지 않았다고 단정하기 어렵고, 공부상 용도를 기준으로 판단하더라도 쟁점건물은 용도변경 절차를 거쳤으므로 주택으로 인정

⚖️ 심판례 3: 조심2024서0812

항목	내용
결정번호	조심2024서0812
결정일	2024년 7월 25일
쟁점	양도 당시 1세대 1주택 요건 판정
결정 요지	양도일 현재 1세대 1주택 요건 충족 여부는 실제 사용 목적과 거주 사실을 종합적으로 판단

7️⃣ 관련 국세청 예규 3건

📋 예규 1: 장기가정어린이집 1세대 1주택 특례

항목	내용
문서번호	국세청 질의회신 (ntstDcmId: 010000000000525197)
회신일	2020년 (상세일자 비공개)
질의 내용	1세대가 장기가정어린이집과 그 밖의 1주택을 소유하고 있는 경우 1세대 1주택 비과세 적용 여부
회신 요지	소득세법 시행령 §154 ⑳에 따른 장기가정어린이집(2018.1.1. 이후 취득)은 주택 수에서 제외하므로, 거주주택 양도 시 1세대 1주택 비과세 적용 가능

📋 예규 2: 주택과 주택 외 부분 복합 건물의 주택 판정

항목	내용
문서번호	국세청 질의회신 (ntstDcmId: 010000000000414802)
회신일	국세법령정보시스템 수록 (상세일자 비공개)
질의 내용	하나의 건물이 주택과 주택 외의 부분으로 복합되어 있는 경우 주택 판정 기준
회신 요지	소득세법 시행령 §154 ③에 따라 주택과 주택 외 부분으로 복합된 경우 그 전부를 주택으로 본다. 다만, 주택의 연면적이 주택 외 부분의 연면적보다 적거나 같을 때에는 주택 외 부분은 주택으로 보지 아니한다.

📋 예규 3: 1세대 1주택 비과세 거주요건

항목	내용
문서번호	국세청 질의회신 (ntstDcmId: 010000000000374750)
회신일	국세법령정보시스템 수록 (상세일자 비공개)
질의 내용	1세대 1주택 비과세 거주요건 적용 시 세대원 일부가 부득이한 사유로 거주하지 않는 경우
회신 요지	조정대상지역 내 주택 양도 시 거주요건 적용 시, 배우자 등이 부득이한 사유로 처음부터 해당 주택에 거주하지 않고 나머지 세대원이 거주한 경우에도 거주요건을 충족한 것으로 본다

8️⃣ 실무 적용 가이드

✅ 어린이집 부동산의 1세대 1주택 비과세 적용 조건

순번	확인 항목	세부 기준	증빙 자료
1	본래 주택 건축	• 최초 신축 당시 주택으로 건축 • 건축물대장 확인	• 건축물대장 (갑) • 건축허가서
2	구조 미변경	• 주택 구조를 어린이집용으로 개조하지 않음 • 현관, 거실, 침실, 주방, 화장실 구조 유지	• 건축물대장 (갑) • 용도변경 허가서 • 현장 사진
3	실제 거주	• 소유자 또는 세입자의 실제 거주 사실 • 전입신고 또는 거주 증빙	• 주민등록등본 • 신용카드 사용내역 • 택배·우편물 수령 내역 • 전기·가스·수도 사용내역 • 인우보증서
4	1세대 1주택	• 양도일 현재 다른 주택 미보유 • 보유기간 2년 이상	• 부동산 등기부등본 • 취득·양도 계약서
5	주택 용도 계약	• 임대차계약서: "주택" 명시 • 매매계약서: "주택" 명시	• 임대차계약서 • 매매계약서

⚠️ 주의사항

• 공부상 용도가 "어린이집" 또는 "교육연구 및 복지시설"이라도 실제 주거용으로 사용되었다면 주택으로 인정 가능
• 그러나 실제 거주 사실을 입증하지 못하면 비과세를 받지 못할 수 있음
• 거주 증빙 자료를 최대한 많이 확보하는 것이 중요

9️⃣  체크리스트: 1세대 1주택 비과세 적용 전 확인사항

📝 사전 확인 체크리스트

단계	확인 항목	체크
1단계 건물 구조	최초 신축 당시 주택으로 건축되었는가?	□ 예 □ 아니오
	주택 구조를 유지하고 있는가? (현관, 거실, 침실, 주방, 화장실)	□ 예 □ 아니오
	냉난방, 상하수도 등 주거 시설이 완비되어 있는가?	□ 예 □ 아니오
2단계 실제 사용	본인 또는 가족이 실제로 거주하였는가?	□ 예 □ 아니오
	세입자가 있었는가?	□ 예 □ 아니오
	전입신고 또는 거주 증빙 자료가 있는가?	□ 예 □ 아니오
3단계 1세대1주택	양도일 현재 다른 주택을 보유하고 있지 않은가?	□ 예 □ 아니오
	보유기간 2년 이상인가?	□ 예 □ 아니오
	조정대상지역인 경우 거주기간 2년 이상인가?	□ 예 □ 아니오 □ 해당없음
4단계 증빙 자료	임대차·매매 계약서에 "주택" 명시되어 있는가?	□ 예 □ 아니오
	전기·가스 사용 요금이 "주택용"으로 되어 있는가?	□ 예 □ 아니오

💡 판단 기준

• 10개 이상 "예": 1세대 1주택 비과세 가능성 높음
• 7~9개 "예": 추가 증빙 자료 확보 필요
• 6개 이하 "예": 비과세 인정 어려움, 전문가 상담 권장

 자주 묻는 질문 (FAQ)

Q1. 공부상 "교육연구 및 복지시설"인데 주택으로 인정받을 수 있나요?

A. 네, 가능합니다. 소득세법은 "허가 여부나 공부상의 용도 구분과 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물"을 주택으로 본다고 규정하고 있습니다. 따라서 공부상 용도가 "교육연구 및 복지시설"이더라도 다음 조건을 충족하면 주택으로 인정받을 수 있습니다:

• 본래 주택으로 건축되었고
• 구조 변경 없이 주택 구조를 유지하며
• 실제로 거주한 사실이 있는 경우

Q2. 어린이집을 운영하면서 동시에 거주했는데, 비과세를 받을 수 있나요?

A. 네, 가능합니다. 본 사례(조심2025서2843)가 바로 그런 경우입니다. 청구인은 1층에서 어린이집을 운영하고 지층 및 2층에서 거주하였습니다. 조세심판원은 다음을 근거로 1세대 1주택 비과세를 인정했습니다:

• 주택의 구조·기능·시설이 유지됨
• 실제 거주 사실이 있음 (신용카드, 택배, 전기·가스 사용 내역 등)
• 임대차·매매 계약서에 "주택"으로 명시됨

Q3. 전입신고를 하지 않았는데도 거주 사실을 인정받을 수 있나요?

A. 네, 가능합니다. 전입신고는 거주 사실을 입증하는 가장 강력한 증거이지만, 전입신고를 하지 않았더라도 다음 자료로 거주 사실을 입증할 수 있습니다:

• 신용카드 사용 내역 (해당 주소 인근 가맹점)
• 택배·우편물 수령 내역
• 전기·가스·수도 사용 내역 ("주택용" 요금제)
• 인우보증서 (이웃 주민의 증언)
• 거주 당시 사진

본 사례에서도 청구인은 영유아보육법상 어린이집에 전입신고하면 인가가 취소될 수 있어 다른 곳에 전입신고하였으나, 위 자료들로 실제 거주 사실을 입증하여 비과세를 인정받았습니다.

Q4. 양도 당시 건물을 멸실(철거) 목적으로 매매했는데도 비과세가 되나요?

A. 네, 가능합니다. 처분청은 "멸실 목적으로 양도했으므로 주택으로 볼 수 없다"고 주장했으나, 조세심판원은 이를 받아들이지 않았습니다. 중요한 것은 양도 당시의 용도가 아니라 보유 기간 중 실제 사용 목적과 구조입니다. 따라서:

• 보유 기간 중 주택으로 사용되었고
• 주택 구조를 유지하였으며
• 실제 거주 사실이 있다면

양도 당시 매수인이 멸실 목적으로 취득했더라도 1세대 1주택 비과세를 받을 수 있습니다.

Q5. 경정청구는 언제까지 가능한가요?

A. 국세기본법 제45조의2에 따라 경정청구는 법정 신고기한이 지난 날부터 5년 이내에 가능합니다. 양도소득세의 경우:

• 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내: 예정신고
• 양도일이 속하는 연도의 다음 해 5월 31일까지: 확정신고
• 확정신고 기한으로부터 5년 이내: 경정청구 가능

본 사례에서 청구인은 2022년 양도 → 2024년 경정청구로 2년 내에 청구하여 문제없었습니다.

Q6. 고가주택(12억 초과)인 경우에도 비과세가 되나요?

A. 부분적으로 가능합니다. 소득세법 제89조에 따라 실지거래가액이 12억 원을 초과하는 고가주택은 12억 원까지는 비과세, 초과분은 과세됩니다. 예를 들어:

• 양도가액 15억 원, 취득가액 10억 원인 경우
• 양도차익 5억 원 중 12억 원에 해당하는 부분만 비과세
• 12억 원 초과분(3억 원)에 대해서는 양도소득세 과세

자세한 계산은 세무사와 상담하시기 바랍니다.

 전문가 조언

✅ 서주환 세무사의 실무 Tip

💡 Tip 1: 증빙 자료는 "미리미리" 확보하세요

양도 후 경정청구를 하려면 거주 사실을 입증해야 합니다. 다음 자료를 보유 기간 중에 미리 챙겨두세요:

• 신용카드·체크카드 사용 내역 (인근 가맹점)
• 택배·우편물 수령 증빙
• 전기·가스·수도 요금 청구서
• 거주 당시 촬영한 사진 (날짜 확인 가능한 것)
• 이웃 주민의 연락처 (인우보증서용)

💡 Tip 2: 계약서에 "주택" 명시하세요

임대차계약서나 매매계약서 작성 시 건물 용도를 "주택"으로 명확히 기재하세요. 본 사례에서도 계약서에 "주택 월세 계약서", "주택매매계약서"로 명시된 것이 승소에 중요한 역할을 했습니다.

💡 Tip 3: 공부상 용도에 너무 연연하지 마세요

공부상 용도가 "교육연구 및 복지시설", "근린생활시설" 등으로 되어 있더라도 실제 주거용으로 사용하고 있다면 주택으로 인정받을 수 있습니다. 중요한 것은 실제 사용 목적과 거주 사실입니다.

💡 Tip 4: 경정청구는 적극적으로 활용하세요

이미 양도소득세를 신고·납부했더라도 5년 이내에는 경정청구가 가능합니다. "이미 신고했으니까..."라고 포기하지 말고, 전문가와 상담하여 환급 가능성을 검토하세요.

💡 Tip 5: 거부처분을 받더라도 포기하지 마세요

본 사례에서도 처분청이 경정청구를 거부했지만, 조세심판원에서 전면 승소했습니다. 경정청구 거부 → 이의신청 → 심판청구 → (필요시) 행정소송까지 단계적으로 다툴 수 있는 기회가 있습니다. 포기하지 말고 끝까지 권리를 행사하세요.

🔮 2025년 이후 전망

💡 안정적으로 적용 가능

1세대 1주택 비과세는 소득세법 본법에 규정되어 있어 일몰 우려 없이 안정적으로 적용할 수 있습니다. 다만, 다음 사항에 유의하세요:

• 보유기간·거주기간 요건은 지역(조정대상지역 여부)에 따라 다름
• 고가주택 기준(12억 원)은 향후 개정 가능성 있음
• 세법 개정에 따라 세부 요건이 변경될 수 있으므로 양도 전 최신 법령 확인 필요

 참고자료

📚 법령 정보

• 소득세법 제88조 (정의), 제89조 (비과세 양도소득)
• 소득세법 시행령 제154조 (1세대 1주택의 범위), 제155조 (1세대 1주택의 특례)
• 영유아보육법 제15조 (어린이집 설치기준)
• 건축법 제2조 (정의), 제79조 (위반 건축물 등에 대한 조치)
• 농어촌특별세법 제5조 (비과세)

⚖️ 판례·심판례

구분	사건번호	결정/선고일
조세심판원	조심2025서2843	2025.10.15.
대법원	2004두14960	2005.4.28.
대법원	92누7023	1993.4.13.
조세심판원	조심2023서7327	2023년
조세심판원	조심2021인3116	2021.9.9.

📖 국세청 예규

• 장기가정어린이집 1세대 1주택 특례 (서면-2020-법령해석재산-XXXX): 국세법령정보시스템
• 주택과 주택 외 부분 복합 건물의 주택 판정: 국세법령정보시스템
• 1세대 1주택 비과세 거주요건: 국세법령정보시스템

🔗 유용한 링크

• 국세법령정보시스템: https://taxlaw.nts.go.kr
• 조세심판원: https://www.tt.go.kr
• 국가법령정보센터: https://www.law.go.kr
• 국세청 홈택스: https://www.hometax.go.kr

---

 

본 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 작성되었으며, 개별 사안에 대한 법률적 조언이 아닙니다. 구체적인 세무 문제는 반드시 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다.