장기임대주택 변경등록 후 거주주택 양도 시 1세대 1주택 비과세 특례 적용 여부

📌 사건/예규 개요

2020년 7월 11일 이후 단기민간임대주택을 장기일반민간임대주택으로 변경등록한 경우, 거주주택 양도 시 1세대 1주택 비과세 특례를 받을 수 있는지에 대한 국세청 유권해석입니다.

많은 임대사업자들이 단기임대주택을 장기임대주택으로 전환하면서 **변경등록 시기(2020.7.11 전후)**에 따라 거주주택 비과세 특례 적용이 제한되는지 궁금해하고 있습니다. 이번 예규는 이에 대한 명확한 기준을 제시합니다.

문서번호: 서면-2024-법규재산-3084
회신일자: 2025년 2월 26일
세목: 양도소득세 (1세대 1주택 비과세)

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📋 사실관계

구분	내용
질의자	장기임대주택 및 거주주택 보유 납세자
거래 유형	거주주택 양도 예정
주요 사실	• A, B, C 오피스텔 3채 보유 (단기임대주택 등록) • 2020.7.10. 전: B·C 주택 장기임대주택 변경등록 • 2020.7.11. 이후: A 주택 장기임대주택 변경등록 ⭐ • D 주택: 거주주택 (2년 이상 거주) • A 주택 양도 또는 재등록 후 D 주택(거주주택) 양도 예정
세목	양도소득세
쟁점	2020.7.11. 이후 변경등록한 장기임대주택도 거주주택 비과세 특례 적용 가능 여부

구체적 타임라인:

• 2007.11.9: A 오피스텔 취득
• 2008.1.8: B 오피스텔 취득
• 2012.9.26: C 오피스텔 취득
• 2016.8.22: A·B·C 단기임대주택 등록
• 2017.5.2: D 주택 (거주주택) 취득
• 2020.6.28: B·C 장기일반민간임대주택 변경등록 (기한 내)
• 2020.7.21: A 장기일반민간임대주택 변경등록 ⭐ (기한 후)
• 향후: A 주택 양도 또는 재등록 → D 주택(거주주택) 양도 예정

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🎯 핵심 결론

구분	내용
쟁점	2020.7.11. 이후 장기임대주택 변경등록 시 거주주택 비과세 특례 적용 가능 여부
질의자 주장	2020.7.11. 이후 변경등록한 주택도 거주주택 비과세 특례 적용 가능한지 확인 필요
국세청 회신	✅ 특례 적용 가능
결과	• 변경등록 시기와 관계없이 요건 충족 시 비과세 ⭐ • 2020.7.11. 이후 변경등록도 특례 대상 • 자진말소 후 재등록해도 요건 충족 시 특례 적용
핵심 근거	소득세법 시행령 제155조 제20항 거주주택 및 장기임대주택 요건을 모두 충족하면 국내 1주택 보유로 보아 비과세 특례 적용

💡 한 줄 요약: 2020년 7월 11일 이후 장기임대주택으로 변경등록한 경우에도 거주주택 및 장기임대주택 요건을 모두 충족하면 거주주택 양도 시 1세대 1주택 비과세 특례를 받을 수 있습니다.

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🔍 상세 분석

1️⃣ 국세청 회신 요지

📝 회신 내용 전문

"귀 서면질의의 사실관계와 같이 2020년 7월 11일 이후 단기민간임대주택에서 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택을 양도하거나 임대사업자등록을 자진말소 후 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조제1항에 따라 장기일반민간임대주택으로 재등록하는 경우로서, 「소득세법 시행령」 제155조제20항에서 규정하는 거주주택과 장기임대주택 요건을 모두 충족하고 거주주택을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용하는 것입니다."

✅ 핵심 포인트

1. 변경등록 시기 무관: 2020.7.11 이후 변경등록도 특례 대상
2. 요건 충족이 중요: 거주주택 + 장기임대주택 요건 모두 충족 필요
3. 재등록도 가능: 자진말소 후 재등록해도 요건 충족 시 특례 적용

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2️⃣ 비과세 특례 적용 요건

📋 거주주택 요건 (소득세법 시행령 제155조 제20항 제1호)

요건	내용
거주기간	보유기간 중 2년 이상 거주
거주기간 기산점 (임대주택 전환 시)	• 사업자등록일 • 민간임대주택 등록일 • 어린이집 인가일/운영개시일 → 이후의 거주기간만 인정

📋 장기임대주택 요건 (소득세법 시행령 제155조 제20항 제2호)

요건	내용
사업자등록	양도일 현재 소득세법 제168조에 따른 사업자등록
임대사업자 등록	민간임대주택에 관한 특별법 제5조에 따른 등록 → 장기일반민간임대주택으로 등록 및 임대
임대료 증액 제한	• 임대료 증가율 5% 이내 • 증액 청구: 계약 체결 또는 증액 후 1년 경과 후 가능 • 보증금↔월세 전환 시: 민간임대주택법 제44조 제4항 준용

⭐ 특별 제한사항

【생애 1회 제한】
장기임대주택을 보유하고 있는 경우
→ 생애 한 차례만 거주주택을 최초로 양도하는 경우에 한정

【직전거주주택 보유 시】
거주주택을 민간임대주택으로 등록한 사실이 있고
보유기간 중 양도한 다른 거주주택이 있는 경우
→ 직전거주주택 양도일 후의 기간분만 비과세

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3️⃣ 2020.7.10 전후 변경등록 차이점

📌 배경: 소득세법 시행령 제155조 제20항 단서 규정

"2020년 7월 10일 이전에 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록 신청(임대할 주택을 추가하기 위해 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)을 한 주택으로 한정"

🔍 해석의 쟁점

구분	일반적 해석	이번 예규 명확화 ⭐
2020.7.10 이전 변경등록	특례 적용 명확	특례 적용 (동일)
2020.7.11 이후 변경등록	특례 적용 불가능? (해석 불명확)	✅ 특례 적용 가능 ⭐ 요건 충족 시
자진말소 후 재등록	특례 적용 불가능? (해석 불명확)	✅ 특례 적용 가능 ⭐ 요건 충족 시

💡 이번 예규의 의의

• 2020.7.11 이후 변경등록: 특례 대상 명확히 확인
• 자진말소 후 재등록: 특례 대상 명확히 확인
• 핵심: 변경등록 시기보다 요건 충족 여부가 중요

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📚 관련 법령

소득세법 시행령 제154조 제1항

【1세대 1주택 비과세】

• 양도일 현재 국내에 1주택을 보유한 1세대
• 보유기간 2년 이상
• 양도소득세 비과세

소득세법 시행령 제155조 제20항

【장기임대주택 보유 시 거주주택 비과세 특례】

본문: 장기임대주택과 거주주택(1주택)을 보유한 1세대가 다음 요건을 모두 충족하고 거주주택을 양도하는 경우 국내 1주택 보유로 보아 비과세 특례 적용

단서: 2020년 7월 10일 이전에 임대사업자등록 신청(변경 신고 포함)을 한 주택으로 한정

제1호 (거주주택 요건):

• 보유기간 중 거주기간 2년 이상
• 임대주택 전환 시: 등록일 이후 거주기간만 인정

제2호 (장기임대주택 요건):

• 양도일 현재 사업자등록
• 민간임대주택 등록 및 임대 중
• 임대료 증액 5% 이내

민간임대주택에 관한 특별법 제5조

【민간임대주택 등록】

• 제1항: 민간임대주택 등록 의무 및 절차
• 임대할 주택 추가 시 등록사항 변경 신고

민간임대주택에 관한 특별법 제44조 제4항

【임대료 증액 및 전환 기준】

• 임대보증금과 월세 상호 전환 시 적용 기준
• 장기임대주택의 임대료 증액 제한 규정과 연계

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📖 유사 사례

유사 예규 1: 서면-2023-법규재산-0115 (2023.1.31)

쟁점: 임차인 조기전출로 새로운 임대차계약 체결 시 상생임대주택 특례 적용 가능 여부

결론: 2025.1월 이후 소득세법 시행규칙 제74조의3 요건을 충족하는 새로운 임대차계약 체결 시 특례 적용 가능

시사점: 임대차계약 중 불가피한 사유 발생 시에도 요건 충족하면 특례 적용

유사 예규 2: 서면-2024-법규재산-0648 (2025.3.4)

쟁점: 묵시적 계약 갱신으로 계약서 미제출 시 상생임대차 특례 적용 가능 여부

결론: 묵시적 계약에 따른 종전 임대차계약과 새로운 임대차계약의 임대기간을 합산 가능

시사점: 계약 형식보다 실질적 요건 충족이 중요

유사 예규 3: 서면-2023-부동산-1967 (2024.5.21)

쟁점: 상속주택 임대차계약 재작성 시 직전임대차계약 해당 여부

결론: 상속받은 주택에서 임대차계약 재작성 시 직전임대차계약에 해당하지 않아 특례 적용 제한

시사점: 상속으로 인한 소유권 변동 시 임대차계약 연속성 단절

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💡 실무상 유의사항

🚨 주의사항 1: 요건 충족 시점

요건	확인 시점	주의사항
거주주택 거주기간	거주주택 양도일까지	2년 이상 거주 필수 임대전환 시 등록일 이후만 인정
장기임대주택 등록	거주주택 양도일 현재	양도 시점에 등록 유지 필수 ⭐ 자진말소 시 특례 불가
임대료 증액제한	전체 임대기간	5% 초과 증액 시 특례 배제 ⭐ 한 번이라도 위반 시 전체 배제

🚨 주의사항 2: 생애 1회 제한

【중요】
장기임대주택을 보유하면서 거주주택 비과세 특례는
생애 한 차례만 가능

【사례】
A 주택(거주) + B 주택(장기임대) 보유
→ A 주택 양도 시 특례 적용 ✅

이후 C 주택(거주) + B 주택(장기임대) 보유
→ C 주택 양도 시 특례 적용 ❌ (생애 1회 소진)

🚨 주의사항 3: 임대료 증액 제한 위반

【위반 사례】
2020년 임대료 1,000만원
→ 2021년 1,060만원 증액 (6% 증가) ❌

【결과】
5% 초과 증액으로 장기임대주택 요건 미충족
→ 거주주택 비과세 특례 배제
→ 일반 양도소득세 과세

【올바른 처리】
2020년 임대료 1,000만원
→ 2021년 최대 1,050만원까지만 증액 (5% 이내) ✅

🚨 주의사항 4: 직전거주주택 보유 시 제한

【상황】
• D 주택 취득 (2017년)
• D 주택을 민간임대주택으로 등록 (2018년)
• E 주택 취득 후 거주 (2019년)
• E 주택 양도 (2021년) ← 직전거주주택
• D 주택 민간임대주택 등록 말소 후 거주 (2022년)
• D 주택 양도 예정 (2025년)

【판단】
D 주택은 민간임대주택 등록 이력이 있고
보유기간 중 양도한 다른 거주주택(E)이 있음
→ E 주택 양도일(2021년) 이후 기간분만 비과세 적용

🚨 주의사항 5: 자진말소 타이밍

❌ 잘못된 순서
1. 거주주택 양도
2. 장기임대주택 자진말소 ← 양도 후 말소 시 특례 배제

✅ 올바른 순서
1. 장기임대주택 등록 유지
2. 거주주택 양도 (특례 적용)
3. 장기임대주택 자진말소 (양도 후)

또는

1. 장기임대주택 자진말소
2. 장기일반민간임대주택 재등록 (요건 충족)
3. 거주주택 양도 (특례 적용) ✅

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본 게시글은 일반적인 세무 정보 제공을 목적으로 작성되었습니다. 국세청 서면-2024-법규재산-3084 (2025.2.26) 예규 내용을 기반으로 하였으나, 개별 사안에 따라 세법 적용이 달라질 수 있으므로 구체적인 사항은 반드시 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다.

 

작성: 서주환 세무사 사무실
최종 업데이트: 2026년 1월 5일
근거 예규: 서면-2024-법규재산-3084 (2025.2.26)
관련 법령: 소득세법 시행령 제154조, 제155조 제20항