재개발로 받은 조합원입주권 2개, 양도소득세는?

감사원 2024-심사-584 결정례

📌 사건 개요

감사원이 재개발사업과 관련된 양도소득세 부과처분에 대한 중요한 결정을 내렸습니다. 감사원 2024-심사-584(2025.09.29. 결정) 사례는 재개발로 인해 종전 부동산 대신 조합원입주권 2개를 받은 경우, 이를 양도할 때 양도소득세를 어떻게 계산해야 하는지가 쟁점이었습니다.

결정일: 2025년 9월 29일
소관기관: 감사원
사건유형: 양도소득세 부과처분에 관한 심사청구

⚖️ 핵심 쟁점

"재개발조합에 종전부동산을 제공하고 조합원입주권 2개를 받은 경우, 이를 양도할 때 양도소득세 부과가 적법한지 여부"

📋 사실관계

기본 상황

청구인의 부동산 현황

1. 종전부동산 소유: 재개발 구역 내 토지 및 건물 보유
2. 재개발 참여: B 정비사업조합(재개발조합)에 종전부동산의 소유권 이전
3. 대가 수령: 종전부동산 대신 조합원입주권 2개 취득
4. 입주권 양도: 받은 조합원입주권을 양도

과세관청의 처분

과세관청은 조합원입주권 양도에 대해 양도소득세를 부과했습니다.

청구인의 불복

청구인은 이 처분에 불복하여 감사원에 심사청구를 제기했습니다.

🏘️ 재개발과 조합원입주권이란?

재개발(재건축) 절차

종전 주택/토지 보유
     ↓
재개발 조합 설립
     ↓
관리처분계획 인가
     ↓
종전 자산 → 조합원입주권으로 전환
     ↓
신축 아파트 완공
     ↓
조합원입주권 → 신축 아파트로 전환

조합원입주권이란?

정의: 재개발·재건축 사업에서 종전 부동산을 제공한 조합원이 새로 지어질 건축물에 입주할 수 있는 권리

특징:

• 양도 가능 (매매, 증여 등)
• 세법상 "주택"으로 간주
• 관리처분계획 인가일부터 주택 수에 포함

"1+1" 조합원입주권이란?

재개발 과정에서 종전 부동산의 가치에 따라:

• 일반적: 1개의 조합원입주권 부여
• "1+1": 종전 부동산 가치가 높은 경우 2개의 조합원입주권 부여

💡 조합원입주권 양도소득세 과세 원칙

1. 조합원입주권의 세법상 지위

소득세법 제89조 제1항 제3호

조합원입주권은 세법상 "주택"으로 취급되어:

• 주택 수 계산 시 포함
• 1세대 1주택 비과세 판단 시 주택으로 간주

2. 1세대 1주택 비과세 요건

소득세법 제89조 (비과세 양도소득)

다음 요건을 충족하면 비과세:

✅ 기본 요건

• 양도일 현재 국내에 1주택(1조합원입주권 포함) 보유
• 2년 이상 보유
• 양도가액 12억원 이하

✅ 조합원입주권 특례

"조합원입주권을 1개 보유한 1세대가 양도일 현재 다른 주택 또는 분양권을 보유하지 않는 경우"

3. 2개의 조합원입주권을 보유한 경우

핵심 문제점:

• 조합원입주권 2개 = 세법상 2주택 보유로 간주
• 1세대 1주택 비과세 요건 불충족
• 원칙적으로 양도소득세 과세 대상

🔍 유사 판례 및 법령 해석

국세청 유권해석 (사전-2017-법령해석재산-0528)

"1주택자가 조합원입주권 2개를 양도하는 경우 1세대 1주택 비과세를 적용받을 수 없음"

이유:

• 조합원입주권은 주택으로 간주
• 2개의 입주권 = 2주택
• 1세대 1주택 요건 불충족

관리처분계획 인가일의 중요성

소득세법 시행령 제162조

조합원입주권은 관리처분계획 인가일부터 주택으로 간주:

• 인가일 이전: 종전 부동산으로 주택 수 계산
• 인가일 이후: 조합원입주권으로 주택 수 계산

📊 과세 실무 케이스별 분석

Case 1: 1주택 → 1조합원입주권 (일반적 경우)

상황: 1주택 보유 → 재개발로 1조합원입주권 취득
결과: 1세대 1주택으로 간주
양도 시: 요건 충족 시 비과세 ✓

Case 2: 1주택 → 2조합원입주권 (1+1, 본 사례)

상황: 1주택 보유 → 재개발로 2조합원입주권 취득
결과: 1세대 2주택으로 간주
양도 시: 1세대 1주택 비과세 불가 ✗
과세: 양도소득세 부과 (일반 세율 또는 중과 세율)

Case 3: 2주택 → 2조합원입주권

상황: 2주택 보유 → 재개발로 2조합원입주권 취득
결과: 1세대 2주택으로 간주
양도 시: 1세대 1주택 비과세 불가 ✗
과세: 양도소득세 부과 (다주택자 중과 가능)

Case 4: 2조합원입주권 중 1개 먼저 양도

상황: 2조합원입주권 보유 → 1개 먼저 양도
1차 양도: 2주택 보유자의 양도 → 비과세 불가 ✗
2차 양도: 1주택 보유자의 양도 → 요건 충족 시 비과세 ✓

🚨 실무상 주의사항

1. 조합원입주권 2개 받을 때

즉시 고려해야 할 사항:

❌ 오해하기 쉬운 점

"원래 1주택이었으니까 비과세 받을 수 있겠지?"
→ 틀렸습니다! 입주권 2개 = 2주택입니다.

✅ 올바른 인식

조합원입주권 2개 = 세법상 2주택
→ 1세대 1주택 비과세 불가
→ 양도소득세 납부 필요

2. 절세 전략

전략 1: 순차 양도

1단계: 2개 입주권 중 1개 먼저 양도
        → 양도세 납부 (2주택자)
        
2단계: 남은 1개 입주권 양도
        → 1세대 1주택 비과세 가능 ✓

전략 2: 신축 후 양도

입주권 2개 보유
     ↓
신축 아파트 완공 대기
     ↓
2채의 신축 아파트 취득
     ↓
1채씩 순차 양도 (2년 보유 후)

3. 관리처분계획 인가일 전후 구분

인가일 이전

• 종전 부동산 기준으로 주택 수 계산
• 입주권 아직 미발생

인가일 이후

• 조합원입주권 기준으로 주택 수 계산
• 이 시점부터 2주택자로 취급

4. 양도 시기 선택

선택 1: 입주권 단계에서 양도

• 장점: 빠른 현금화 가능
• 단점: 2주택자로 과세

선택 2: 신축 완공 후 양도

• 장점: 실제 주택 가치 확인 가능
• 단점: 대기 시간 필요, 보유세 부담

📖 관련 법령

소득세법 제89조 제1항 제3호 (비과세)

1세대 1주택(1조합원입주권)을 양도하는 경우로서 다음 요건 충족 시 비과세:

• 양도일 현재 1주택(1입주권) 보유
• 2년 이상 보유
• 양도가액 12억원 이하

소득세법 시행령 제162조 (조합원입주권)

조합원입주권은 관리처분계획 인가일부터 주택으로 간주

소득세법 시행령 제167조의3 (입주권 비과세)

조합원입주권을 1개 보유한 1세대가 양도일 현재:

1. 다른 주택을 보유하지 않거나
2. 1주택을 보유하나 일시적 2주택 요건 충족 시

비과세 가능

🎯 결론

감사원 2024-심사-584 결정례는 재개발로 인해 조합원입주권 2개를 받은 경우 세법상 2주택으로 취급되어 1세대 1주택 비과세를 받을 수 없음을 명확히 했습니다.

핵심 포인트

1. 조합원입주권 = 주택
   • 관리처분계획 인가일부터 주택으로 간주
   • 주택 수 계산 시 포함
2. 2개 입주권 = 2주택
   • 원래 1주택이었어도 입주권 2개 받으면 2주택자
   • 1세대 1주택 비과세 불가
3. 절세는 사전 계획이 중요
   • 입주권 2개 받기 전 세무 상담
   • 순차 양도 또는 세대 분리 검토
   • 양도 시기 신중히 선택
4. 관리처분계획 인가일 주의
   • 이 시점부터 입주권이 주택으로 전환
   • 다주택자 판정의 기준일

실무 조언

✅ 재개발 참여 전

• 종전 부동산으로 받을 입주권 개수 확인
• 2개 받을 예정이면 세무 전략 수립
• 필요시 전문가 상담

✅ 입주권 2개 받은 후

• 즉시 양도세 부담 검토
• 순차 양도 또는 보유 전략 수립
• 배우자와 세대 분리 가능 여부 검토

✅ 양도 시

• 2주택자로 과세됨을 인식
• 장기보유특별공제 적용 안 될 수 있음
• 양도세 재원 미리 준비

⚠️ 피해야 할 오류

• "원래 1주택이니까 비과세" → ✗
• "입주권은 주택 아니야" → ✗
• "나중에 생각하면 돼" → ✗

💡 전문가 조언 필수

• 재개발은 세금 구조가 복잡
• 개별 사안마다 상황이 다름
• 세무사와 사전 상담 강력 권장

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참고 자료

• 감사원 심사결정례 2024-심사-584 (2025.09.29.)
• 소득세법 제89조 (비과세 양도소득)
• 소득세법 시행령 제162조, 제167조의3
• 국세청 유권해석 사전-2017-법령해석재산-0528
• 도시 및 주거환경정비법 관련 규정

※ 본 글은 특정 감사원 결정례에 대한 분석이며, 개별 사안에 따라 판단이 달라질 수 있으므로 실제 재개발 참여 및 입주권 양도 시에는 반드시 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다.